Amarna được khám phá vào năm 1714 bởi Claude Sicard, một linh mục dòng Tên người Pháp khi đang du hành qua vùng thung lũng sông Nin. Napoléon sau đó đã cho thiết lập bản đồ chi tiết đầu tiên về Amarna vào khoảng thâp niên 1820[23].

Năm 1824, John Gardiner Wilkinson tiếp tục khám phá và lập bản đồ những vùng còn lại. Tiếp sau đó, Robert Hay và G. Laver phát hiện thêm nhiều cổ mộ nằm ở phía nam và các phù điêu vào năm 1833[24].

Karl Richard Lepsius đã vẽ lại những tàn tích còn sót lại của thành phố vào giữa năm 1843 và 1845. Kết quả cuối cùng được công bố vào năm 1849 trong tác phẩm của ông[25]. Giữa năm 1891 và 1892, Alessandro Barsanti và Flinders Petrie đã khai quật chủ yếu những di tích của cung điện hoàng gia, các đền đài và một số ngôi nhà[26].

Sau đó, họa sĩ N. de Garis Davies đã mô tả và vẽ lại những ngôi mộ và bia đá ranh giới Amarna từ năm 1903 đến năm 1908. Đầu thế kỷ 20, đoàn khảo cổ đến từ Đức, dẫn đầu bởi Ludwig Borchardt, đã khai quật rộng rãi khắp các vùng ngoại ô phía bắc và nam của thành phố. Bức tượng bán thân nổi tiếng của Nefertiti được phát hiện vào năm 1912 và được đem về Bảo tàng Neues, Berlin. Chiến tranh thế giới thứ nhất bùng nổ vào tháng 8 năm 1914 đã chấm dứt các cuộc khai quật của nhóm[18].

Từ năm 1921 đến năm 1936, Amarna được tái nghiên cứu, chủ yếu là cấu trúc của những đền đài và cung điện hoàng gia[27]. Từ năm 2005 đến năm 2013, nhiều ngôi mộ được khai quật thêm, gần những ngôi mộ phía nam của giới quý tộc[28].